随着我国对外开放的深入发展，海交馆同国内外的学术交流也日益频繁。近40年来，中国海外交通史研究会、泉州海外交通史博物馆联合中国与海上丝绸之路研究中心、中国航海学会、中国对外关系史学会、福建社会科学院、福建海上丝绸之路研究会以及联合国教科文组织、法国远东学院等国内外学术团体和机构进行多次合作，举办国内、国际性学术讨论会20余场，尤其是连续三次在我馆成功地举办了联合国教科文组织“海上丝绸之路”国际学术讨论会。

1979年3月，在泉州举办“泉州湾宋代海船科学研讨会”

1980年10月，在泉州举办“晋江地区华侨史学术研讨会”

1982年12月，在宁波举办“宁波港海外交通史学术研讨会”

1983年6月，在扬州举办“扬州港海外交通史学术研讨会”

1984年2月，在泉州“中外科技文化交流史学术研讨会”

1985年8月，在山东长岛举办“中国太平洋暨海外交通史学术研讨会”

1987年11月，在泉州举办“纪念泉州市舶司设置九百周年暨中国历史上的市舶司制度和海外贸易国际学术研讨会”

1991年2月，在泉州举办联合国教科文组织“中国与海上丝绸之路”学术研讨会

1992年10月，在山东蓬莱举办“中国北方港与海外交通学术研讨会”

1994年2月，在泉州举办联合国教科文组织“海上丝绸之路与伊斯兰文化”国际学术研讨会

1994年8月，在汕头举办“海上丝绸之路与潮汕历史文化国际学术研讨会”

1995年10月，在泉州举办“泉州湾宋代海船保护修复论证会”

1997年12月，在泉州举办联合国教科文组织“中国与东南亚”国际学术研讨会

1999年3月，在泉州举办“文物保护的国内外合作与交流研讨会”

1999年2月，在泉州举办“《光明之城》手稿的发现及研究学术研讨会”

2001年7月，在泉州举办“中国古船研制讨论会”。

2002年10月 在泉州举办“中华文化与域外文化互动”计暨“海上丝绸之路泉州”学术讨论会。

2004年2月 在泉州海交馆举办“侨乡与海外华人”国际学术讨论会。

2005年11月 在泉州海交馆举办“古代中韩海上交流”国际学术讨论会。

2007年5月 在泉州海交馆举办“博物馆与青少年”学术座谈。

2008年11月 在泉州海交馆举办“海上交通与伊斯兰文化国际学术研讨会”。

2009年5月 在泉州海交馆举办“泉州地区的博物馆与旅游”座谈会。

2010年 在泉州海交馆举办“东亚文化与海洋交流”国际学术研讨会。

2010年 在泉州海交馆举办“海洋里的世界观”研讨会。

2010年12月 在暨南大学举办“国际视野下的中西交通史研究”国际研讨会。

2011年5月 在泉州海交馆举办“福建省博物馆论坛”。

2011年11月 在泉州海交馆举办“中华传统文化在东南亚的传播和影响”国际学术会议。

2012年1月 在泉州海交馆举办“中国沿海地区穆斯林社会的公共空间——陈埭模式的可能性”国际学术研讨会。

2012年2月 在泉州海交馆举办“阿拉伯文书法交流与研讨会”。

2013年10月 在泉州海交馆举办“历史上中国的海疆与航海”学术研讨会。

2014年5月 在泉州海交馆举办“交流与封闭” 小型国际学术研讨会。

2014年8月 在上海中国航海博物馆举办"人海相依：中国人的海洋世界"国际学术研讨会。

2014年10月 在上海海洋大学图文信息中心举办第二届岛屿海洋文化国际论坛。

2014年11月 在泉州海交馆举办“建设21世纪海上丝绸之路”学术研讨会。

2015年11月 在广东省阳江市海陵岛举办“宋元交替时期东南沿海的海上交通”学术研讨会。

2015年12月 第三届环东海与边疆论坛——东亚海洋共同体构建与边疆治理现代化研讨会

2016年9月 大航海时代的澳门与世界国际学术讨论会

2016年10月 粤海关与海上丝绸之路”学术研讨会

2016年11月 第四届环东海与边疆论坛“海陆丝绸之路上的东亚社会与文明交流”

2016年12月 历史上的移民与海上贸易”学术研讨会

泉州海交馆几年来不仅积极举办学术会议，而且我馆的研究人员也经常应邀到海外参加各种学术及展览活动。据统计，1984年至今，海交馆数位研究人员曾参与日本、美国、韩国及香港、台湾地区的各种课题研究，曾前后达一百多人次应邀到美国、加拿大、意大利、荷兰、法国、韩国、日本、菲律宾、马来西亚、斯里兰卡、新加坡、澳大利亚等国以及香港、台湾、澳门地区参加学术研讨会。数名专家被日本、美国和香港知名大学、博物馆聘为客座教授、客座研究员等。