近50年来，我馆研究人员在社会科学与自然科学研究领域取得了一定成果，多次荣获省、部级奖项，出版各种专题研究20多种，发表在国内外学术刊物的论文数百篇。

编辑出版的论文集、专著有：

吴文良著：《泉州宗教石刻》(考古学专刊,乙种第七号)，科学出版社1957年。

福建省泉州海外交通史博物馆等编：《泉州伊斯兰教研究论文集》，福建人民出版社1983年。

福建省泉州海外交通史博物馆编：《泉州湾宋代海船发掘与研究》，海洋出版社1987年。

福建省泉州海外交通史博物馆编：《泉州伊斯兰教石刻》（主撰陈达生），宁夏人民出版社、福建人民出版社1984年。

《中国与海上丝绸之路》（联合国教科文组织海上丝绸之路综合考察泉州国际学术讨论会论文集，上下册），福建人民出版社1991年、1994年。

王连茂等著：《闽台关系族谱资料汇编》，厦门大学出版社1987年。

王连茂等著：《海上丝绸之路著名港口——泉州》，海洋出版社1988年。

李玉昆著：《泉州海外交通史略》，厦门大学出版社1995年。

王连茂、叶恩典整理：《张士箱家族文件汇编》，福建人民出版社1999年。

王连茂、陈丽华著：《中华海洋文化的缩影—泉州海外交通史博物馆》，中国大百科全书出版社1999年。

王连茂、丁毓玲著：《重返<光明之城>》图册，福建人民出版社2000年。

陈丽华等：《泉州海关志》（古代市舶司篇）2005年，厦门大学出版社。

李玉昆、李秀梅：《泉州古代海外交通史》，2007年，中国广播电视出版社。

陈丽华著：《铁观音——安溪乌龙茶传统制作技艺》，2012年，浙江人民出版社。

王丽明整理：《跨越海洋》，2012年，宁波出版社。

泉州海外交通史博物馆编：《唐船图考证、中国船、中国木帆船》，2013年，海洋出版社。

杨条沯著：《设计师笔记》，2015年，中国艺术家出版社。

以及部分非正式出版资料，如：《泉州海交史资料选辑》（1960年）、《古船资料辑录》（1973年）、《泉州湾古船研究动态》（1975年）、《泉州港与古代海外交通》（1982年）、 《泉州港与古代海外交通》、王洪涛《晚蚕集》、《瓷器概述》、《晋江、安海、围头、石湖等地海外交通史调查》、《泉州海外交通史迹调查资料》、《泉州湾古船研究动态》、 《泉州海外交通史料汇编》等。