2002-2003年，王连茂主持国家文物局课题“宋元时期泉州的海洋文化与《光明之城》真伪研究：以泉州海外交通史博物馆馆藏文物为证”。（课题参与人员：李玉昆、丁毓玲、陈丽华、叶典典、曾丽民）

2001-2003年，李玉昆主持国家文物局课题“泉州锡兰王裔文物研究”。（课题参与人员：陈丽华、叶恩典、曾丽民）

2006-2008年，陈丽华、李静蓉参与福建师范大学历史学院戴显群主持的教育部课题《唐宋元泉州海外交通史料汇编》。

2009-2012年，李国清参加国家重要课题“海洋出水陶瓷、金属和木质文物保护的前期研究”。

2009-2010年，丁毓玲参加泉州市社科联课题“泉台两岸学术交流与对接”。

2009-2010年，胡晓伟参与泉州市社科联课题“泉州地区古建筑彩绘调查”。

2011-2014年，丁毓玲、傅恩凤、胡晓伟参与厦门大学组织的“环中国海海洋文化遗产调查与研究”课题。

2011-2013年，李静蓉参与泉州师范学院林振礼主持的国家社会科学基金项目“闽南泉州多元宗教和谐共处探源”，研究成果于2016年出版。

2012-2016年，丁毓玲主持省委统战部课题泉州部分“闽商·泉州分卷”，研究成果于2016年6月由厦门大学出版社出版。

2012-2014年，陈丽华、王丽明参与武汉理工大学国家文物局课题“中国古代造船关键结构技术——水密舱技术综合研究”。

2011-2012年， 肖彩雅主持泉州市社科联课题“19世纪末20世纪初的缅甸闽籍华商”。

2010-2014年，费利华主持国家文物局国家重点文物保护经费项目“泉州湾出土宋代古船的保护”。

2012-2013年，肖彩雅参与与厦门大学南洋研究院课题“冷战后中国——东盟关系发展对东南亚华社的影响”。

2012-2014年，肖彩雅主持泉州市社科联课题“明代泉州海防遗存的保护与开发”。

2013-2016年，丁毓玲、王利民参与中国文化遗产研究院的课题“古代中国与印度洋海上交流”。

2014-2017年，费利华主持国家文物局国家重点文物保护经费项目“泉州湾宋代海船抢救性保护工程”。

2014-2018年，肖彩雅参与省重点项目《福建华侨史》的编撰工作，负责缅甸华侨华人方面的材料收集与整理研究。

2016-2018年，肖彩雅主持泉州市社会科学研究规划课题重点项目《明代泉州防卫研究》。

2015-2018年，陈少丰参与泉州师范学院主持的教育部人文社科基金青年项目：海上丝绸之路文献目录整理、编纂与研究。